Sự hiện hữu của trọng tài Hoàng Phạm Công Khanh ở V.League 2019 khiến cho lãnh đạo LĐBĐ TP.HCM không hài lòng, một số trọng tài khác cũng ấm ức cho rằng, Ban trọng tài đã ưu ái cho ông Khanh.
Tại V-League 2019, trọng tài Công Khanh đã được phân công bắt 3 trận đấu, gần nhất là trận giữa CLB Khánh Hoà và Hà Nội tại vòng 5 diễn ra hôm 11/4.
Đến ngày 12/4 vừa qua, LĐBĐ TP.HCM đã ký văn bản lần thứ hai gửi LĐBĐ Việt Nam, VPF và BTC giải BĐ vô địch QG 2019 để khẳng định, trọng tài Hoàng Phạm Công Khanh không còn thuộc sự quản lý của đơn vị này dù Bản phân công trọng tài vẫn có tên trọng tài Hoàng Phạm Công Khanh là trọng tài TP.HCM. Trước đó vào ngày 11/6/2018, LĐBĐ TP.HCM cũng đã gửi công văn đến LĐBĐ TP.HCM, Phòng trọng tài, Ban trọng tài về việc thông báo ông Hoàng Phạm Công Khanh không còn thuộc LĐBĐ TP.HCM sau khi nhận được đơn xin nghỉ của ông Khanh đề ngày 19/4/2018.
“Trọng tài Khanh được đào tạo, sinh hoạt tại LĐBĐ TP.HCM trong mười mấy năm qua. Trước mỗi mùa giải, LĐBĐ TP.HCM thường tổ chức kiểm tra các trọng tài. Những trọng tài nào đủ điều kiện sẽ được giới thiệu để Ban trọng tài LĐBĐ Việt Nam kiểm tra lại trước khi bước vào giải. Trong những năm qua, thể lực của trọng tài Khanh yếu. Đầu năm 2018, chúng tôi tiến hành kiểm tra nhưng trọng tài Khanh không đảm bảo được những yêu cầu đề ra. Sau đó, chúng tôi tạo cơ hội cho trọng tài Khanh kiểm tra thêm một đợt nữa nhưng cũng không đảm bảo”, một đại diện HFF cho biết.
Đến ngày 19/4/2018, trọng tài Hoàng Phạm Công Khanh viết đơn xin nghỉ, không tham gia công tác trọng tài bóng đá TP.HCM. Lý do ông Khanh đưa ra trong đơn là “Có xin được việc làm (bảo vệ), nên không có thời gian tham gia công tác trọng tài TP.HCM, theo đúng quy chế của Ban trọng tài bóng đá TP.HCM”.
TTK VFF Lê Hoài Anh khẳng định trên Tiền Phong, việc phân công trọng tài Hoàng Phạm Công Khanh làm nhiệm vụ ở V-League 2019 không vi phạm quy chế. Tuy nhiên, ông Hoài Anh cũng cho biết sắp tới VFF sẽ xem xét để điều chỉnh, có thể đăng ký trọng tài Hoàng Phạm Công Khanh sinh hoạt ở một đơn vị khác. Trưởng ban Trọng tài VFF Dương Văn Hiền cũng khẳng định, việc trọng tài Công Khanh thôi sinh hoạt ở TPHCM không ảnh hưởng đến việc làm nhiệm vụ V-League.
Một số trọng tài không vượt qua cuộc kiểm tra thể lực hồi đầu mùa giải 2019 tỏ ra bức xúc, khi cùng bị đánh giá không đạt như nhau, nhưng người lại được tham gia nhiệm vụ nhưng người lại không thể. Trong đó, trọng tài Phạm Hoàng Công Khanh là một trong những cái tên bị nghi ngờ có sự ưu ái từ Ban trọng tài.